En los meses previos al aniversario 90 de Gelly, la Comuna formuló una amplia convocatoria a vecinas y vecinos para que donaran objetos de valor histórico. Como tantos otros museos regionales santafesinos, el de Gelly se constituyó a partir de esta generosidad y participación de su vecindario.
Luego, un grupo de personas asignadas por la Secretaría de Cultura realizó la selección: documentos de comercios tradicionales del pueblo, trapiches, antiguas máquinas de escribir, vajilla, vestimenta, banderas y cuadros son parte de la colección. Asimismo, al funcionar en la ex estación ferroviaria, el museo también incorporó los elementos de ésta caídos en desuso: tableros, receptores del telégrafo, equipamiento técnico y cartelería.
En el predio contiguo donde está emplazado el museo se exponen maquinaria y herramientas rurales antiguas. Y se desatacan allí, además, un cañón y un ancla que pertenecieron al buque ARA General Belgrano, hundido en la Guerra de Malvinas de 1982. Ambos objetos fueron una donación a la Comuna de parte de la División de Relaciones con la Comunidad del Estado Mayor de la Armada, concretada el 15 de marzo de 2011. Un año más tarde, estos objetos fueron declarados «Patrimonio histórico cultural de la comunidad de General Gelly».