En la actualidad, el museo tiene como misión preservar, investigar, interpretar y exhibir objetos patrimoniales que contribuyan a difundir la historia de la Compañía de Jesús y del Colegio Inmaculada en Santa Fe; brindando al visitante la experiencia de acercarse a un patrimonio histórico, religioso, educativo y cultural único; y de conocer la estrecha relación de éste con el ámbito regional, nacional e internacional.

Las colecciones de las salas muestran el desarrollo progresivo de una formación científica experimental, en sintonía con la pedagogía ignaciana y con los principios positivistas del siglo XX. Las numerosas piezas didácticas, instrumentos de laboratorio y aparatos de medición exhibidos fueron adquiridos por el Colegio Inmaculada en Europa a partir de 1870 y señalan una fuerte apuesta de entonces a la enseñanza teórico y práctica de ciencias naturales, física, química y astronomía (de larga tradición entre los jesuitas santafesinos). También forman parte del acervo elementos litúrgicos: custodias, cálices, misales, ornamentos, relicarios, imaginería.

Este ámbito fue cuna de la primera escuela primaria gradual y continua del país de la Universidad de Santa Fe (precursora de la Universidad Nacional del Litoral) y de la Universidad Católica de Santa Fe. En virtud a sus valores históricos, simbólicos y patrimoniales, el Colegio de la Inmaculada Concepción, sede del museo, es Monumento Histórico Provincial desde 1994 y también Nacional desde 2000.