Este centenario edificio, un emblema de la historia de Santa Fe, fue construido en 1711 por el capitán Márquez Montiel. Aunque siempre se mantuvo en poder de la misma familia, al heredarse por línea femenina fueron cambiando los apellidos de sus propietarias: Lacoizqueta, Duarte Neves, Aldao y Yupe, aunque este último apellido no se consolidó a raíz de una anulación matrimonial.
Contaba hasta la segunda mitad del siglo XIX con tres cuartos continuos que ocupaban todo el ancho del medio solar del terreno, y un cuarto o altillo con gran balcón hacia el frente en la parte central del edificio. Había también tres cuartos comerciales sobre la calle. Luego se demolieron el cuarto del oeste y los del frente para ocupar ese espacio con una edificación moderna, parte de la cual se conserva todavía. La casa antigua estuvo asociada en el siglo XVIII y parte del XIX a otras edificaciones construidas en terrenos linderos al este de la propiedad original, todas pertenecientes a la misma familia.
Sus paredes son de tapia de una vara castellana de ancho, sus carpinterías de madera dura del Paraguay y sus techos de tejas españolas.
Al no ser ocupada por sus propietarios que vivían en otras residencias de la ciudad, la casa fue destinada a otros usos. Una información no confirmada indica que en su altillo habría instalado su atelier el pintor Héctor Fasino, también figura como sede del Consejo de Educación en un plano de 1887 (esto explicaría el escudo de la Provincia existente en sus balcones del frente, de los que sólo queda uno, tras la demolición de la mayor parte de los cuartos de la casa que se ubicaban sobre la línea de edificación e impedían la vista de la casa antigua, edificada hacia el interior del terreno).
A lo largo de los siglos la casa sufrió grandes deterioros y llegó a estar en estado ruinoso, por lo que en la década de 1960 fue sometida a intervenciones importantes dispuestas por el gobierno nacional, ya que era Monumento Histórico Nacional desde 1942, mientras que la Provincia encaró intervenciones estructurales en 2011 y 2013, en tanto acaban de concluirse otras iniciadas en 2022.
Vale destacar que en 1974 la Casa de los Aldao fue expropiada por el gobierno nacional y cedida al Estado santafesino para uso de la Junta Provincial de Estudios Históricos, con la obligación de mantenerla abierta al público y conservarla adecuadamente. Así, desde 1975 la casa es sede de dicha junta y en sus diversos espacios funciona su biblioteca especializada, se montan muestras museológicas, se dictan conferencias y cursos y se realizan encuentros de historiadores. El Monumento Histórico Nacional está abierto a la visita del público.