Cuenta con cuatro salas de exhibición, tienda de objetos de diseño, patio de esculturas, biblioteca especializada, espacio de reserva de obras, taller de restauración y áreas administrativas. Es gestionado por personal propio, con la colaboración de equipos especializados en conservación, restauración, montaje, producción y educación. Sus acciones se centran en tres ejes: vínculo con la comunidad, democratización del espacio de exhibición y conservación del patrimonio. Sus lazos con la comunidad se fortalecen mediante exposiciones y actividades que animan las muestras.
La democratización del espacio de exhibición se logra a través de la implementación de dos propuestas: Convocatoria de Proyectos Expositivos para Espacios Municipales de Arte y Salón Anual Premio Salón Litoral. La primera, de alcance regional, permite que artistas de la ciudad y su área metropolitana puedan aplicar a programas diversos. En tanto, el Premio Litoral se originó con la historia misma del museo. El Sor Josefa se fundó en 1936 y pronto inició un ciclo intermitente de salones que culminó en 1980. El propósito de éstos fue dinamizar la escena local de las artes visuales y cooperar en la formación del acervo patrimonial del museo a través de los premios adquisición. El mismo espíritu anima los actuales salones, cuya reedición se inició en 2021.
El museo cuenta con un patrimonio artístico significativo; su colección permanente comienza en los años 30 del siglo XX y hoy cuenta con más de mil cien obras. Entre los artistas cuyos trabajos integran la colección se puede mencionar a Ricardo Supisiche, Matías Molina, Cesar López Claro, Manuela Vera, César Fernández Navarro, Enrique Estrada Bello, Raúl Schurjin, Mele Bruniard, Fernando Espino, Andrés Dorigo, Nanzy Vallejos, Peti Lazzarini y Ana Pizarro, entre otros.
Recientemente, el museo ha puesto en práctica un nuevo programa de investigación histórica, heurística y epistemológica del patrimonio, que lo pone en contacto con investigadores, docentes, coleccionistas, curadores e instituciones vinculadas con el mundo de las artes.