Así se conformó la incipiente institución, que en sus comienzos fue cambiando de sede hasta afincarse en el edificio actual. De acuerdo a una ley sancionada por la Legislatura provincial, la empresa ganadora de la licitación para construir un complejo turístico hotelero con casino en Melincué debía también hacerse cargo de la construcción del edificio para el museo.
Así fue y éste se erigió en el predio perteneciente al Ejército Argentino, donde está asentado el Monumento Nacional Fortín San Juan Bautista de Melincué desde 1944. Parte de la estructura ya está realizada y aún resta concluir el resto de los trabajos planificados.
Francisco del Prado fue uno de los comandantes del Fortín San Juan Bautista de Melincué. Sus descendientes estaban por donar sus pertenencias al Museo de Luján, pero recibieron una propuesta de la Comuna para que éstas quedaran en la localidad, al tiempo que se decidió poner su nombre a la institución, lo que ocurrió el 10 de diciembre de 2019.
El Museo actualmente consta de tres salas con material histórico, antropológico, fósiles, alfarería y objetos de pueblos originarios, fotografías y pinturas. Habitualmente realizan visitas guiadas alumnos de escuelas primarias, secundarias y de institutos de formación turística, geográfica e histórica de toda la zona. También alumnos de universidades que participan de la «Experiencia Melincué», que consiste en un recorrido por el predio museológico (sectores Fortín, Cañones, Monumento a la india, y salas, y que concluye en la histórica laguna del lugar).