El 13 de enero de 1992, mediante un decreto, se creó el Archivo Histórico y Museo Municipal, y en los años siguientes éste creció significativamente, con la publicación de diferentes trabajos y la organización de actividades diversas.
En 2010, ante la necesidad de reorganizar la institución, se llevaron a cabo proyectos de interrelación con instituciones educativas formales y no formales de la ciudad y a partir de 2018 se conformó un equipo de trabajo desde la administración interna del museo para focalizar la labor en la digitalización de documentos, fotografías y elementos impresos, en organizar colecciones y en realizar muestras temáticas, promoviendo un diálogo con instituciones educativas y la comunidad. Uno de los objetivos de la institución es generar sentido de pertenencia.
Tiene organizado su material en más de cuarenta colecciones, entre las que se cuentan las de Aeroclub de Rufino, Cine Teatro Condal, Club Hípico del Sur, Clubes Deportivos, Cultos, Entidades Bancarias, Espacios Verdes, y Familias Históricas. Además, cuenta con una hemeroteca diarios y periódicos locales y regionales.
Una sala de la institución está dedicada al Ferrocarril BAP (Buenos Aires al Pacífico), posteriormente llamado Ferrocarril General San Martín; otra, «Oscar Lelio González», dedicada a la vida cotidiana, y una tercera enfocada en personalidades, medios y actividades. Además, cuenta con dos sitios específicos para el archivo histórico. Cobra relieve la sala dedicada a los pueblos originarios, en particular los ranqueles, y a los orígenes del pueblo: la historia de sus fundadores, Gerónimo de Dios Segundo Rufino y Francisco Mercedes Rufino, su llegada a esas tierras, su amistad con Domingo Faustino Sarmiento, y la figura de Godofredo Diareux como protagonista de aquellos inicios Esta ciudad siempre ha sido destacada como «el hito de las tres provincias»: Rufino está emplazada donde se unen Santa Fe, Córdoba y Buenos Aires.