El disparador para que se empezara a trabajar por un museo fue el libro San Guillermo, un pueblo que crece bajo el signo del trabajo, de la profesora Adriana Imhoff. Desde allí, hacia 1990, aproximadamente, se impulsó la tarea, comunitaria, de revalorizar la propia historia, de construir la memoria colectiva. Fue así que el museo se fundó el 30 de noviembre de 1990, poniendo proa a los festejos por el centenario de San Guillermo, celebrados en 1994.

De manera que los espacios asignados donde funciona la institución no fueron, desde el comienzo, simples depósitos de objetos: la museografía de estas áreas surge de las entrevistas con vecinos, de relatos de los más ancianos, del registro testimonial y de donación de materiales que se clasifican, teniendo en cuenta la historia de sus donantes.

Con el paso del tiempo, el museo fue creciendo y a partir de 2010 se registraron cambios en su seno, el más importante fue su traslado a la casona del denominado Puesto Botturi (propiedad de uno de los primeros pobladores de la colonia).

Pasó de políticas iniciales con fuerte impronta coleccionista —con un anclaje histórico en fines del siglo XIX y principios del XX, cuando la gran inmigración—, a incluir temáticas variadas. Y siempre con una misión declarada: «el museo investiga, interpreta, preserva y comunica los procesos históricos, sociales, culturales y ambientales representativos de la ciudad a través de la cultura material e inmaterial resultante».

Desde 2010 organiza con docentes de la ciudad y la zona el programa «Taller Museo Escuela», bajo el cual se desarrollan actividades como el recorrido por sitios y monumentos históricos y/o emblemáticos. Es decir, el museo «sale» de Puesto Botturi para articular un diálogo intercultural e inter generacional.

Posee una variedad de colecciones clasificadas en once tipologías: armas, documentos, esculturas, mobiliario, religión, numismática, arqueología, pinturas, fotografías, vestuario y herramientas. Las colecciones se amplían a diario con aportes de la comunidad.