En 1978, al conmemorarse el centenario de Villa Ocampo, la Municipalidad ya pensaba en la necesidad de un lugar para conservar su patrimonio. Después de infructuosos pedidos a las autoridades provinciales de entonces, la Municipalidad decidió emprender por cuenta propia la restauración de la antigua casa, tratando de respetar su estructura y materiales originales.

El 30 de noviembre de 1980, al cumplirse el 102º aniversario de la ciudad, quedó inaugurado el Museo Histórico Municipal en el edificio de calle Santa María de Oro (hoy Tibaldo) 1240. El 2 de diciembre de 2000, en su ámbito se sumó el Museo de Ciencias Naturales, incorporándose ejemplares de animales embalsamados, característicos de la zona y donados por el taxidermista Bruno Hermosí y por el Museo de Ciencias Naturales Florentino Ameghino de Santa Fe.

A partir de ese momento, se instituyó el nombre de Museo Histórico y de Ciencias Naturales Aníbal Gregoret, en homenaje a un destacado escultor en madera, cuyas obras se encuentran distribuidas en distintas instituciones de la comunidad y en espacios públicos de Villa Ocampo. Años después, con la incorporación de restos fósiles de animales prehistóricos hallados a orillas del río Los Amores, en octubre de 2009 se creó la Sala Paleontológica.

Con un acervo singular en materia de paleontología, arqueología y ciencias naturales, el Aníbal Gregoret apuesta a su actualización y puesta en debate de su trabajo. Así, suma el aporte de museólogos, paleontólogos y especialistas para ordenar, clasificar y exponer colecciones. Fruto de ello son, por ejemplo, la sala paleontológica, denominada «Antes gigantes», y el «Museo al paso», que diseña muestras temporarias en las vidrieras de la institución.