Tiene tres salas. La primera remite a los primeros pobladores que habitaron la región del Paraná y sus ríos afluentes aproximadamente mil quinientos antes de la llegada de los españoles: chanás, timbúes y corondás. Se exponen vasijas, asas o sahumadores; la cerámica es el elemento distintivo y la pieza principal de la sala es el fragmento de apéndice sahumador con la forma de un ave.
La segunda sala corresponde a la época de contacto entre pueblos originarios y españoles, cuando las primeras expediciones al Río de la Plata de Sebastián Gaboto y Diego García de Moguer, entre 1527 y 1529, se encontraron con poblaciones chanás, guaraníes, corondás y timbúes. En esta sala también se aprecia una colección de armas antiguas que datan de los siglos XVIII y XIX: fusiles, puntas de lanza, bayonetas y pistolas halladas en el llamado Camino Real, ruta del Virreinato del Río de la Plata entre la costa y los pueblos del norte, que atravesaba la Santa Fe Colonial.
La tercera y última sala registra la historia de la zona entre finales del siglo XIX y principios del XX: el modelo agroexportador, la aparición del ferrocarril, la inmigración, la histórica inundación del Barrancas Viejo hacia 1905 (que motivó el traslado del pueblo a su ubicación actual). Aquí el museo pone en valor las donaciones de predios y tierras para la construcción de instituciones y edificios públicos; algunos de aquellos donantes fueron Lisandro de la Torre, Waldino Maradona, Luis Guena y Fernando Ramírez.