El Museo Histórico Municipal comenzó a funcionar en un local de San Martín 555 con el asesoramiento de maestros, cooperadores y vecinos. La idea inicial fue exaltar la epopeya de la colonización en la zona.
En 1981 la Municipalidad adquirió parte de la residencia de la Familia Ripamonti. Un largo proceso de acondicionamiento de ese edificio concluyó parcialmente en noviembre de 1992, cuando se habilitaron oficinas del museo y sus primeras salas, entre ellas la de Arte Precolombino «Arminio Weiss». El 24 de octubre de 1994, fiesta patronal de Rafaela, se inauguraron las obras terminadas y ya hubo lugar, sucesivamente, para dos exposiciones permanentes: «Sala de Inmigrantes» y «Rafaela como núcleo urbano: del pueblo a la ciudad». Estas salas testimonian la historia local y regional desde lejanos tiempos hasta aproximadamente 1930, recreando el proceso colonizador en la zona rural y en el núcleo urbano.
Los objetos que componen el patrimonio del museo no son exhibidos en su totalidad. La propuesta contempla los mencionados espacios de exposición permanente y otros en los que las muestras cambian periódicamente sus contenidos. Vale destacar que la citada Colección de Arte Precolombino «Arminio Weiss» —la más importante y completa de Cultura Candelaria— ya no forma parte del acervo del museo, pues había sido cedida en comodato por sus propietarios, ahora concluido.
Merecido es el comentario acerca del Edificio Ripamonti, donde funciona el museo. En la pampa de fines de siglo XIX, los almacenes de ramos generales fueron proveedores de bienes y servicios, nexos entre casas exportadoras de trigo y mercados europeos, pero también fueron un punto de encuentro. Los grandes Almacenes Ripamonti ocupaban dos manzanas contiguas, emplazadas frente a la plaza principal de Colonia Rafaela. En 1888, Faustino Ripamonti instaló allí su negocio y construyó su vivienda familiar. Incluyó variadas secciones, al estilo de las grandes tiendas de las principales ciudades de la primera mitad del siglo XX.
En Rafaela, los almacenes de ramos generales de Faustino Ripamonti fueron testigos de la vida cotidiana de una progresista comunidad durante casi un siglo. Los Almacenes Ripamonti, con sus sucursales en San Francisco, Sastre y Vila, hicieron historia en la vida económica de Santa Fe hasta 1970, cuando cerraron sus puertas.
Este edificio histórico, de los más antiguos que aún se conservan en Rafaela, data de fines de siglo XIX. Mucho de su estructura ha sido modificado pero, aun así, sigue siendo también parte del patrimonio histórico de la ciudad.
La Misión del Museo Histórico Municipal de Rafaela es «promover la reflexión, el debate y la mirada crítica sobre los procesos históricos que atraviesan y atravesaron la localidad, intentando comprender la conformación e interacción de múltiples identidades y culturas en un espacio y tiempo determinado; en ese contexto, el museo debe ser un centro dinámico en el intercambio y creación de vínculos con la comunidad».