El museo se propuso «preservar los valores» de los hombres y mujeres que dieron origen al pueblo y lucharon para su progreso económico, social y cultural. Su funcionamiento se interrumpió durante unos años por problemas de infraestructura hasta que, en 2018, la Municipalidad dispuso los medios necesarios para mantenimiento del edificio y de los objetos allí expuestos.
Uno de los atractivos del museo de Eusebia es la sala del toxodonte. Allí se exhiben restos fósiles de este ejemplar de la mega fauna santafesina, hallados en un rescate realizado en agosto de 2014 en una cava ubicada al sur de la ruta provincial 280 S. En octubre de 2019 el gobierno de Santa Fe entregó al museo los restos del toxodonte para su exposición y guarda definitiva.
Otros espacios de la institución dan cuenta del paisaje natural (fósiles, flora y fauna, aborígenes, fuertes y fortines, características del suelo); ocupación del territorio (leyes nacionales y provinciales de colonización, fundadores, inmigrantes y colonos); primeros tiempos (vida, usos y costumbres de antaño, tareas rurales); finalmente, uno dedicado a la historia de las instituciones públicas. La última de las salas habilitadas recrea la historia del Ferrocarril Central Norte mediante maquetas, esculturas en madera, fotos y objetos.