Su acervo incluye material que, en diversos soportes, informa e interpreta acerca de las violaciones a los derechos humanos en América latina y el mundo, especialmente sobre el accionar del terrorismo de Estado durante la última dictadura cívico militar en la Argentina.
Conocido originalmente como Casa de los Padres, el histórico edificio donde funciona el museo fue proyectado por el arquitecto Ermette De Lorenzi y construido por el ingeniero José Spirandelli en 1928. La casona dejó de ser utilizada como residencia familiar hacia finales de la década de 1940. En septiembre de 1947 la propiedad fue adquirida por el Ejército Argentino, convirtiéndose en 1963, con la reestructuración de las Fuerzas Armadas, en sede del Comando del Segundo Cuerpo de Ejército. Desde este edificio se planificó, durante los años de la última dictadura cívicomilitar, la represión en seis provincias argentinas.
En su trabajo de construcción de un relato, el Museo de la Memoria convocó a algunos de los más reconocidos artistas de Rosario para intervenir el espacio museístico alrededor de ciertos ejes temáticos. Así, con la mediación del arte y la literatura, la escena de este museo narra la historia política desde el presente, proponiendo un lugar de interpretaciones en el que el público participa a través de sus sentidos y su reflexión.