En 1992 se anunció el traslado del museo a otro edificio —que ocupaban la Administración de Parques y Paseos y la Escuela de Aprendices de Jardineros—, emplazado en el Parque de la Independencia. La inauguración de la nueva sede fue el 14 de septiembre de 1993. En 2004 el museo tomó el nombre de Wladimir Mikielievich (19041999), rosarino, historiador de oficio, coleccionista de documentos, que trabajó con la memoria urbana a partir de relatos e investigaciones, siempre plasmadas en la Revista de Historia de Rosario y el Diccionario de Rosario, que él mismo editaba.
A principios de 2006 el museo comenzó la recuperación de El Invernadero, un nuevo lugar en su ámbito para encuentros culturales, actividades y talleres.
Hoy el Museo de la Ciudad brinda a la comunidad un modo de conocerse entendiendo su historia, reflejando sus producciones culturales, interpretando a sus creadores y recuperando personajes e instituciones que hicieron posible la construcción de Rosario.
La colección objetual del museo la forman unas 8.900 piezas que dan cuenta del inicio, crecimiento y desarrollo de la ciudad. La extensión y diversidad de esta colección expresa esta misma heterogeneidad en la vida cotidiana rosarina.
El Archivo Fotográfico está conformado por colecciones públicas y privadas y posee piezas variadas, desde daguerrotipos, negativos y positivos, monocromos o color hasta imágenes digitales —unas doscientas mil—, que relatan la historia de la ciudad en sus distintas épocas, desde 1870 a la actualidad.
En tanto, la Biblioteca y Archivos, con 2.000 libros catalogados, abarcan obras dedicadas a la ciudad desde diversas perspectivas. Algunas de procedencia oficial como las Memorias de Intendentes (18901932), los Digestos Municipales (18601930) y los Censos Municipales de Población (19001926). Otras corresponden a gestiones editoriales privadas, tales como Monos y Monadas, La Gaceta Rosarina, Cinema para todos, Ecos de Rosario, Boom y las revistas institucionales El Círculo e Historia de Rosario.
El Archivo Documental Histórico se integra con colecciones del historiador Juan Álvarez y de Emilia Bertolé, más otras proporcionadas por corporaciones, como la de la constructora Candia & Cía. SRL. Asimismo, se conservan documentos de Conocido originalmente como Casa de los Padres, el histórico edificio donde funciona el museo fue proyectado por el arquitecto Ermette De Lorenzi y construido por el ingeniero José Spirandelli en 1928. La casona dejó de ser utilizada como residencia familiar hacia finales de la década de 1940. En septiembre de 1947 la propiedad fue adquirida por el Ejército Argentino, convirtiéndose en 1963, con la reestructuración de las Fuerzas Armadas, en sede del Comando del Segundo Cuerpo de Ejército. Desde este edificio se planificó, durante los años de la última dictadura cívicomilitar, la represión en seis provincias argentinas.
En su trabajo de construcción de un relato, el Museo de la Memoria convocó a algunos de los más reconocidos artistas de Rosario para intervenir el espacio museístico alrededor de ciertos ejes temáticos. Así, con la mediación del arte y la literatura, la escena de este museo narra la historia política desde el presente, proponiendo un lugar de interpretaciones en el que el público participa a través de sus sentidos y su reflexión.