Exhibe, dentro del Edificio del Reloj, que además es sede de la administración portuaria, una muestra permanente y un espacio destinado a exposiciones temporarias. Gestiona propuestas y actividades que permiten interactuar y aprender acerca del puerto y el río en el transcurso del tiempo. Santa Fe es reconocida como primera urbanización impulsada desde Asunción del Paraguay en la corriente colonizadora del Río de la Plata; por lo tanto, es insoslayable referencia histórica del país y actualmente pieza estratégica en la Hidrovía Paraná-Paraguay.
Este museo nació en el marco de la conmemoración de los cien años de la apertura del puerto santafesino de ultramar, construido entre 1904 y 1910; el relato museográfico tiene ese punto de partida. Sus ejes principales profundizan reflexiones y generan actividades en torno a la cuenca del río y la vía navegable, historia portuaria, construcción del puerto artificial de ultramar, administración, náutica y medioambiente. Además, está en formación un Archivo del Puerto mediante un acuerdo con el Archivo General de la Provincia, con la colaboración del Instituto Gastón Gori.
El Edificio del Reloj que aloja al museo y todas sus pertenencias (objetos, obras de arte, cuadros, medallas, mobiliario y más) es en sí un referente simbólico del patrimonio santafesino. «Tratamos de contribuir a restituir la historia portuaria y su memoria, sólidamente ancladas en la vida diaria como eje de gestión», apuntan desde el museo.
Talleres de modelismo naval y de nudo, concursos de croquis y actividades literarias son sólo algunas de las tantas actividades del Museo del Puerto de Santa Fe, además de las clásicas visitas guiadas para contingentes de visitantes y profesionales diversos. La institución tiene sostenidos vínculos de colaboración con otros museos del país, como el Naval de la Nación, el de Prefectura Naval Argentina y el de Ciencias Naturales Florentino Ameghino de Santa Fe.