Las paredes del convento protegen un tesoro heterogéneo que incluye, entre otras cosas, el testamento de Jerónima de Contreras, hija de Juan de Garay y esposa de Hernando Arias de Saavedra (Hernandarias); un crucifijo del siglo VII frente al cual se firmó la Constitución de 1853 y hasta los sillones originales que utilizaron algunos de los constituyentes. Hacia mediados del siglo XX, algunos frailes llamaron a la población a tomar conciencia, otra vez, sobre las reliquias que atesoraba el Convento, objetos históricos, algunos de más de cuatrocientos años. Fray León Martinengo fue uno de ellos y expresó que estas cosas merecían tener su lugar específico. Así fue cómo, el 15 de junio de 1946, fray León Martinengo y el hermano Miguel Caballero inauguraron el Museo Histórico de San Francisco, compuesto no sólo de objetos y documentos que datan del emplazamiento franciscano en Cayastá, sino también otros, donados, pertenecientes a familias de Santa Fe que pasaron a través de generaciones. Con el tiempo, el museo pasaría a tener el nombre de uno de sus fundadores.
Si bien el museo como tal es la sala que expone imágenes, vestimentas, objetos, fotografías, mobiliario de siglos pasados y más, todo el complejo conventual es sitio de memoria y testimonio de un tiempo fundacional de la provincia toda. El Convento fue inaugurado en 1680 y su edificio resultó concluido en 1695.
Destacan las voluminosas paredes del templo franciscano: de un metro con ochenta centímetros de espesor, están apoyadas en cimientos de piedras traídas de las barrancas del Paraná, entre otras maravillas de su construcción. Es extraordinario su púlpito del siglo XVII, sin retocar desde su construcción.
Entre tantas historias que narra y recuerda, el Convento sugiere en su museo, a la entrada nomás, una anécdota trágica. Allí hay una mesa con su madera rasgada, rasgados que la atraviesan de punta a punta: hacia 1825 una gran inundación trajo, sobre camalotes, animales salvajes a la costa; un jaguar llegó así a la huerta del Convento, entró en la sacristía por una ventana rota y desde entonces sucedió la tragedia: mató a tres personas, entre ellos al fraile Miguel Magallanes. Después de varios días pudieron dar cuenta del felino. La acción de sus garras quedó, hasta hoy, grabada sobre esa mesa.