La propuesta museográfica contempla una muestra permanente diseñada para el público en general y exhibe, en el llamado Salón de los Pasos Perdidos, documentación centenaria sobre la actuación de la masonería en la ciudad de Santa Fe y material de uso cotidiano de la Orden que encierra simbología de relevancia. El visitante es acompañado, en su observación, por explicaciones sobre secretos y significados de tales objetos.

Además, el espacio cuenta con una colección de mandiles y collarines de los diferentes grados de la masonería, atractiva por su despliegue simbólico y estético. También se puede conocer aquí las siete logias que actualmente funcionan en el edificio, a través de representaciones de sus logotipos impresos en grandes banderas de tela que cuelgan desde el techo hasta el piso, de sus medallas distintivas exhibidas y de la información disponible tanto de forma física como digital.

La muestra permanente del salón de ingreso funciona como introducción al templo donde se llevan a cabo las tenidas, que son las reuniones formales en las que los masones construyen a partir del debate de ideas y trabajan «por su mejoramiento personal y el de la sociedad que los cobija». Caminar el templo resulta una experiencia que sorprende desde lo arquitectónico, pues conserva una estructura y decoración que se mantuvo a lo largo de más de ciento treinta años, además de la carga de simbología que lo adorna y lo convierte en un sitio cargado de leyendas y misterio.

El museo habitualmente no está abierto al público, salvo situaciones especiales; de manera que los interesados en conocerlo deben acordar previamente la visita. El objetivo de este museo es que la comunidad santafesina pueda adentrarse en los misterios de la masonería, «tan noble institución que, desde el anonimato de sus miembros, tanto progreso aportó y aporta a la sociedad».