El 15 de enero de 1890 quedó habilitada la Estación El Trébol; era la segunda etapa del ramal ferroviario que iba desde Cañada de Gómez a Las Yerbas (Sastre) como parte del plan sistemático de poblamiento del interior del país. Tres poblaciones que había en ese momento (Pueblo Paso, El Trébol y Tais) se fundieron en una sola y con un solo nombre, junto con la misma estación ferroviaria: El Trébol.
En aquel edificio que pertenecía a esa vieja estación funciona hoy el museo municipal. Se trata de uno de los símbolos más valiosos de la comunidad y la estructura más antigua del lugar, un patrimonio único: es el lugar de origen de la ciudad.
El Trébol necesitaba comenzar a rescatar su historia y por eso el 10 de junio de 1993 el Concejo Municipal sancionó una ordenanza que creó el museo. El 14 de junio de ese año, éste abrió sus puertas.
Este museo cuenta con espacios diversos. En una de sus salas se exponen elementos de la vida cotidiana en la zona a principios del siglo XX; estos objetos componen lo que fue un salón comedor de ese tiempo y es un espacio de interacción donde se desarrollan charlas y talleres. Otra de sus salas aloja muestras itinerantes que se renuevan cada dos meses, aproximadamente. Se destaca particularmente la que alberga una antigua imprenta, donada a la institución. El museo refacciona otros espacios en los cuales se narrará la historia de la ciudad desde sus inicios; de esta historia también habla su patio, en donde puede apreciarse una colección de máquinas agrícolas de finales del siglo XIX y principios del XX, junto a carruajes antiguos.
El museo tiene también un depósito, para guarda y conservación, con más de dos mil piezas (ocasionalmente, algunas forman parte de exposiciones). Parte del valioso acervo del Museo Municipal de El Trébol es su centro documental, archivo histórico y depósito de obras de arte (entre éstas se cuentan piezas de Emilia Bertolé y Elisa Damiano, entre otras destacadas artistas).