En 2006, en el marco de los festejos por los 120 años de San Jorge, en sus exhibiciones se reflejó la influencia del ferrocarril en la llegada de los primeros inmigrantes y las actividades iniciales de éstos en su nuevo destino. Además, en esa oportunidad se inauguró la Sala de la Memoria, en conmemoración a los sanjorgenses desaparecidos durante la última dictadura cívico militar.
En 2012, a treinta años de la guerra de Malvinas, se incorporó la Sala Veteranos de Guerra, en homenaje a los excombatientes oriundos de la ciudad. En junio de 2013, mediante ordenanza municipal, se le asignó el nombre Museo de la Ciudad Aurelio Genovese, en reconocimiento a quien fuera su gran impulsor. Actualmente, el museo depende de la Subsecretaría de Cultura y Deporte de la Municipalidad de San Jorge.
Está rodeado de construcciones ferroviarias complementarias, monumentos históricos y espacios verdes recreativos. Abarca campos temáticos relacionados con la historia local y regional, y tiene como objetivo preservar, investigar, documentar, comunicar y difundir el patrimonio cultural de la ciudad. Tiene dos salas de exposición permanente (la dedicada a Malvinas y otra que narra la historia de San Jorge). Otras dos están destinadas a exposiciones temporarias, fundamentalmente de artistas sanjorgenses y santafesinos.
Las colecciones de este museo están integradas por objetos variados, principalmente de los siglos XIX y XX: enseres domésticos, material ferroviario de la ex estación de tren, obras de arte y elementos relacionados con la historia productiva de la ciudad. También cuenta con una fototeca y archivo histórico. En el edificio contiguo al museo, que antiguamente fue depósito de encomiendas del ferrocarril, funciona el Rincón de Lectura «El Andén», destinado a las infancias.