En 1949 Zapata Gollan inició excavaciones que descubrieron los restos de Santa Fe La Vieja—primer emplazamiento de la ciudad—, sitio que se constituyó más tarde en un parque arqueológico. Desde entonces, museo y parque forman una unidad institucional. En 1950, mediante decreto provincial, se le dio el nombre de Juan de Garay.
Inaugurado el 25 de mayo de 1952, el edificio fue diseñado especialmente para su destino como museo. Se inscribe en la corriente neocolonial, en un intento de relacionarse con la iglesia y convento de San Francisco y con la casa de Diez de Andino, ubicados en su entorno inmediato, en el Paseo de las Tres Culturas del Parque del Sur santafesino. Este edificio se organiza en áreas: para la exhibición, para la conservación e investigación, para la administración y gestión.
Las colecciones arqueológicas y etnográficas que conforman el patrimonio del museo proceden de diferentes sitios y lugares de la provincia de Santa Fe e ingresaron a su patrimonio partir de excavaciones arqueológicas y donaciones.
Se dividen en cuatro núcleos temáticos:
I. Poblaciones originarias del actual territorio santafesino, desde los primeros habitantes hasta las comunidades indígenas que forman parte de nuestra sociedad actual. A partir de colecciones arqueológicas y etnográficas de sociedades indígenas del Paraná y la llanura chaqueña, se hace un recorrido por conflictos, luchas y transformaciones en su modo de vida a partir de la irrupción del colonialismo español, su incorporación violenta al mundo colonial y vida urbana. También están presentes las problemáticas actuales: las luchas por derechos y reivindicaciones de comunidades ComCaia y Qom en territorio santafesino.
II. Fundación de ciudades como estrategia colonizadora, organización política, social y económica en Santa Fe La Vieja. El patrimonio arqueológico se conforma por artefactos procedentes de Europa, América, Asia y principalmente de manufactura local indígena e hispanoindígena y afro, recuperados en las excavaciones de Zapata Gollan. En este núcleo se destaca una gran ilustración que recrea escenas de la vida cotidiana en Santa Fe La Vieja entre 1630 y 1640.
III. Presencia de comunidades africanas y afrodescendientes desde el período colonial y su continuidad en el presente. Se exhiben piezas de cerámica recuperadas en la década de 1930, que forman parte de la colección arqueológica del sitio Arroyo Leyes, un asentamiento afro de la época colonial.
IV. Traslado de la ciudad al actual emplazamiento y configuración histórica de Santa Fe de la Vera Cruz, a partir de la maqueta que representa la ciudad a principios del siglo XIX. Se destaca la exhibición de hallazgos realizados por el equipo de arqueología del museo en excavaciones realizadas en la ciudad.
El museo posee un Área de investigación y gestión de colecciones; laboratorios donde se realizan tareas de inventario, clasificación, estudio y conservación de restos arqueológicos, y una reserva técnica donde se almacenan las piezas. El equipo de arqueología del museo lleva a cabo investigaciones arqueológicas en la provincia y participa en proyectos con otras instituciones de nuestro país y el exterior.
Asimismo, se cuentan la Biblioteca Agustín Zapata Gollan y Fondo Documental; la biblioteca tiene más de seis mil volúmenes catalogados y una hemeroteca. Gran parte de su acervo procede de la biblioteca personal de Agustín Zapata Gollan. El Fondo Documental está integrado por documentos relativos a la historia de Santa Fe producidos durante el período hispánico. Sus principales secciones provienen de archivos notariales y judiciales del antiguo Cabildo y abarcan desde 1610 hasta 1852. Parte del Fondo Documental se encuentra microfilmado y digitalizado y está abierto a la consulta de investigadores. Para consultas en biblioteca o fondo documental, los interesados pueden escribir a: Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.
