Todo comenzó con aquella inquietud cuando, en 1971, estas entusiastas conformaron el cuadro genealógico de la familia de Chiafredo Periotti y Ana Gieco; lo presentaron en ocasión de festejarse los cien años de la radicación de la colonia San Agustín y, tiempo más tarde, en 1982, en el Primer Congreso de Historia de los Pueblos de la Provincia de Santa Fe.
En 1990 se le dio forma al proyecto de crear la institución y, para ello, se tramitó el aporte de profesionales de dos museos dependientes del Estado santafesino: el Histórico y el Etnográfico, ambos de la capital provincial. El 15 de diciembre de 1990 el Museo Histórico Regional de San Agustín fue creado y el local elegido para su funcionamiento fue parte del molino harinero que había pertenecido a Miguel Taverna. Tiempo después se constituyó la asociación civil que lo administra.
Visitas guiadas, clases abiertas y conferencias informativas forman el programa que la institución dispone para los visitantes. Sobresale un dato en las visitas guiadas, ya que se proponen recorridos por lugares históricos de la localidad, como la casa de campo del fundador de la colonia, Mariano Cabal; la Posta del Bajo y el Pilar de la Fe, entre otros. Un programa de trabajo del museo es, además, el «relevamiento, señalización y difusión de sitios y ejemplares arbóreos históricos del departamento Las Colonias».
En cuanto al patrimonio que guardan sus salas, se cuentan documentos y registros, fotografías de los primeros pobladores, enseres antiguos de uso doméstico, objetos religiosos y funerarios, entre otros elementos diversos.
Los trabajos de investigación sobre la localidad son una constante en el quehacer del museo. Aurora B. de Marzioni y Gloria B. de Bertotti publicaron, en 1998, en el Tercer Congreso de los Pueblos de la Provincia de Santa FeHistoria y Prospectiva, La Posta del Bajo en San Agustín, y en 2005, en el Congreso Argentino de InmigraciónCuarto Congreso de los Pueblos de la Provincia de Santa Fe, la obra Fortín El Tala.
El museo se propone como misión «rescatar la herencia tangible e intangible de nuestros antepasados para difundirla por distintos medios, con el fin de fortalecer la identidad sanagustinense».