Su misión es investigar, al tiempo que conservar y exhibir objetos que comuniquen la historia de San José del Rincón. El guión museográfico recorre diversas estaciones, cuyos relatos inician siempre con una frase: «De aguas». Es que, situado sobre la misma costa santafesina, la historia de San José del Rincón está unida a la del mismo río que la baña.
«Las aguas que se recorren responden a distintos períodos de la historia local y ellas son: aguas originarias, aguas coloniales, aguas libertarias, aguas con tren y barco, aguas cotidianas y aguas de artistas. Como un hilo que hilvana el tiempo, el río permanente ha atado su presencia a los momentos más significativos de la ciudad», explican los gestores del museo, que es una institución más de la Municipalidad de San José del Rincón.
El patrimonio de la institución se ha ido acrecentando y aún hoy se reciben objetos. Además, en su ámbito se llevan a cabo muestras temporarias y se dictan talleres y charlas destinadas a «construir la identidad y sentido de pertenencia» y a «reivindicar y difundir la historia de un poblado pujante que transita sus cuatro siglos de vida».