Desde su creación, este museo programó, ininterrumpidamente, muestras de arte, conferencias y exposiciones temáticas que reconstruyen el pasado de Villa Gobernador Gálvez y su región. En sus sucesivas sedes, desde aquella en la sala de espera de la estación, el museo fue ámbito para muestras itinerantes del Museo Ferroviario Nacional y de otros de la ciudad de Rosario, como el Histórico Provincial Doctor Julio Marc, el de Ciencias Naturales Doctor Ángel Gallardo o el de la Ciudad Wladimir Mikielevich.
En 1985 fue cuando comenzó gestarse la idea de un museo para Villa Gobernador Gálvez, por iniciativa de Raúl Malatesta, vecino de la ciudad. Él convocó a otros entusiastas que comprendieron, según cuentan hoy, que «sólo se puede construir el futuro conociendo la propia historia». Trámites mediantes con Ferrocarriles Argentinos, la institución abrió sus puertas en la vieja Estación Villa Diego, el 30 de agosto de 1986, como museo municipal. Tiempo después, en 1993, y tras el fallecimiento de su fundamental impulsor, el Concejo Municipal sancionó una ordenanza que impuso el nombre de Raúl Malatesta a la institución.
Además de sus exposiciones, este museo desplegó un programa editorial y durante varios años publicó una revista informativa, Identidad. En 1991, en su ámbito se habilitó la Biblioteca Maestro Raúl Maldini.
Después de ocupar la sala de espera de la Estación Villa Diego, en 1994 el museo se trasladó a Juan B. Justo 1920 y en 2016 a su ubicación definitiva, en Avenida Juan Domingo Perón 1710.